Pri preukazovaní materiálnych podmienok odpočtu DPH primárne leží dôkazné bremeno na daňovom subjekte a pri preukazovaní daňového podvodu na správcovi dane.
Odpočítanie dane môže byť v zmysle judikatórnych záverov Súdneho dvora EÚ i kasačného súdu obmedzené v prípadoch, ak zdaniteľná osoba nesplní hmotnoprávne podmienky na odpočítanie dane, alebo ak došlo k daňovému podvodu alebo ak došlo k zneužitiu práva (napr. rozsudky Najvyššieho správneho súdu SR sp. zn. 3Sžfk/15/2020 zo dňa 30.06.2022, 2Sžfk/49/2020 zo dňa 26.10.2022). Následne aj pri dôkaznom bremene je v daňovom konaní potrebné rozlišovať medzi dvoma zásadnými situáciami (i) preukazovaním materiálnych podmienok odpočtu DPH a (ii) preukazovaním daňového podvodu alebo zneužitia práva ako dôvodu na neuznanie uplatneného odpočtu. Pri preukazovaní materiálnych podmienok odpočtu DPH primárne leží dôkazné bremeno na daňovom subjekte a pri preukazovaní daňového podvodu na správcovi dane.